Der Sonderforschungsbereich 1066 spiegelt in seiner Organisationsstruktur die verschiedenen wissenschaftlichen Fächer, sowie seine zahlreichen beteiligten wissenschaftlichen Institutionen wieder.
Der Sprecher Prof. Dr. Rudolf Zentel (Organische Chemie, Uni Mainz) wird im Vorstand unterstützt durch Prof. Dr. Stephan Grabbe (Hautklinik, Universitätsmedizin Mainz) und Prof. Dr. Katharina Landfester (Max-Planck-Institut für Polymerforschung). Weitere Vertreter der Medizin sind Prof. Dr. Dr. Detlef Schuppan und Dr. Mustafa Diken (TRON). Dr. Lutz Nuhn (Max-Planck-Institut für Polymerforschung) vertritt die Nachwuchswissenschaftler im Vorstand.